在台商积极赴大陆投资及大陆当局不断向台湾招商动之际，以财经见长的萧万长经与岛内企业财团领袖会商后，决定筹组两岸共同基会，推动及研究两岸建构共同市场，盼能为两岸政治的和平、统合奠定基础，并期待两岸基金会成立后，能对两岸日益频繁的经贸往来做出贡献。
萧万长卸任“行政院长”后，积极鼓吹两岸共同市场概念，并展开游说企业界捐款，结合台湾包括台积电董事长张忠谋、统一企业集团总裁高清愿、国泰人寿童事长蔡宏图以及新光集团的吴东进、吴东亮等人于2001年3月共同筹组成立“两岸共同市场基金会”。尽管台湾经济不景气，萧万长还是集合了包括自己在内的20位捐助人，每人捐款新台币500万元，成立规模1亿元的两岸共同市场基金会。
该基金会是民间组织，不是官方机构，也没有政党色彩，并将基金会定调在研究论坛的角色，是研拟“两岸共同市场”这个经贸机制，具体运作的规范与互动模式的研究单位。
与海基会的区别
海基会是“政府”指定的机构，是与对岸做对口的单位，是与对岸对等的机构；基金会则只锁定两岸共同市场，为研究、推动的议题，因此，性质上是完全不同的两个单位。
