两岸“南海合作”的基本原则
一是“一个中国”原则，在两岸南海合作的进程中双方要共同维护祖国的领土完整，不能造成“一中一台”或“两个中国”的局面。
二是搁置争议原则，两岸应当在坚持“九二共识”和“两岸同属一个中国”的基础上搁置争议，在南海开展事务性合作时不涉及彼此政治定位、“一个中国”的含义等敏感的政治议题。
三是循序渐进原则，两岸南海合作领域广泛，对此不应操之过急，两岸应该着眼大局，循序渐进，先易后难，从非敏感的功能性、事务性、经济性领域合作开始，逐步过渡到敏感程度较高的准军事、军事合作上来。
四是分工协作原则。两岸应尽快达成默契，发挥各自优势，分工协作，扬长避短，共同维护中华民族的根本利益。具体而言，祖国大陆采取外交第一、军事第二的原则，有理、有利、有节地处理南海问题，主要任务应当是通过多重手段，遏制和化解美国因素对南海局势的介入；在祖国大陆不便强势出手的情况下，台湾可以与祖国大陆互为犄角、相互配合，发挥以小博大、以弱博强的奇效，以博取国际社会的同情和支持，还可以充分利用其优越的地理位置牵制对手，并灵活运用美台关系牌，尽量让美国在南海争端中保持中立。
两岸“南海合作”的具体策略
一是建立合作机制。海协会和海基会可以考虑尽快把南海合作问题尤其是功能性、事务性合作列入“两会”协商议题，并成立“两岸南海事务协调小组”的协调机构，“两会”和两岸对口部门可以在两岸经济合作协议架构下或依照两岸签署的相关协议讨论渔业管理与组织、海洋环境保护等议题，鼓励两岸企业合作开发南海油气资源。未来两岸还可以签署一个两岸南海合作框架协议，并成立由官方授权的“两岸南海合作委员会”统筹协商南海合作事宜。
二是共同宣示主权。两岸应从民族大义出发，并尽快通过协商在南海主权问题上形成一致的立场，统一口径，对对方维护南海主权的努力不唱反调，形成彼此心照不宣的默契，共同维护南海主权和领土完整。两岸应尽快完善对各自控制的南海岛礁的行政建制（日前国务院正式批准设立三沙市无疑是个积极的举措），两岸各级行政官员和民意代表可以在适当时机登岛进行参访、视察，宣示主权。
三是开展学术交流。两岸学术界可就南海问题开展更多的学术交流活动，可举行讨论南海问题的研讨会或大型论坛，可以在博鳌论坛、海峡论坛上协商南海合作议题，并可组织学者赴南海岛礁进行实地考察。两岸高校或相关研究机构的师生、学者可就南海议题进行互访交流。
四是开发海洋资源。两岸相关部门和企业应不断加强对渔业、石油、天然气等传统海洋资源的开发利用，尤其是已经有合作基础的祖国大陆中海油公司与台湾中油公司可以加快开发勘探南海油气资源的进程。此外，两岸还应积极合作开发利用海洋潮汐能、波浪能、海洋生物能等新能源。
五是保护海洋生态。两岸可加强海洋生态保护方面的合作，通过协商实行渔业捕捞配额制度，完善“休渔”管理制度，促进渔业资源可持续利用和保护；签订保护海洋环境的协议，进行沿海地带的环境整治，开展南海生态环境、海洋气象的合作研究，开展治理海洋污染的研究与合作。
六是开发南海旅游。为有效宣示中国对南海诸岛的主权存在，两岸旅游部门可以共同开发南海岛礁旅游项目，在保护生态环境、避免过度开发的前提下，联合开发太平岛旅游，稳妥开发西沙旅游。
七是维护海上安全。两岸海事部门应共同建立信息交换与沟通协商平台，加强海上搜救合作，共同努力构建起两岸海上联合搜救常态和长效协作机制；加强两岸海上执法力量(祖国大陆的海事、海监、渔政、海警部队以及台湾的“海巡署”)的协作，积极开展对南海地区的渔业执法合作，联合应对外国海上力量对中国渔民正常渔业活动的骚扰，维护两岸渔民共同的利益；两岸应采取联合行动严厉打击海盗、海上走私等海上犯罪，为两岸往来船舶的航行安全提供坚强的保障。
八是南海军事合作。在目前因双方军事互信尚未建立、两岸南海合作面临诸多阻力的情况下，两岸军队虽然很难进行公开合作、主动出击解决南海争端，但两岸军队应树立坚定保卫中国神圣领土的共同战略思想，可以采取默契有效配合的方式，齐心协力应对周边国家的挑战。两岸军方可以各自拟定相关计划，在对方遭到第三方攻击时，主动提供情报共享、人道救援、后勤保障、侧翼防护等必要支持。双方也可从南海各自控制岛屿的实际出发，在军事上左右呼应，互相支持，尤其是仅相距410海哩的永兴岛和太平岛无疑是两岸军事上相互支援与配合的最佳合作平台。
