两岸“南海合作”的战略意义
不论是保卫领土、维护民族利益，还是从两岸关系的角度，以及从两岸共同的政治、军事、经济利益来看，两岸在南海问题上携手合作都具有重要的战略意义：
一是有利于共同捍卫中国的领土完整，维护中国的海洋权益和海上战略通道安全，有利于保护两岸同胞的安全福祉和中华民族的根本利益。
二是有助于强化中国南海问题立场的正义性，有利于促进两岸与东南亚各国通过和平协商手段最终解决南海争端，维护亚太地区的和平稳定。
三是两岸共同保护和开发南海丰富的海洋资源，尤其是事关国计民生的油气资源，有利于开拓两岸经济合作的新领域，维护中国的经济安全，促进整体中华民族经济的繁荣发展。
四是有利于促进两岸关系的和平发展。一方面，两岸加快南海合作的步伐，有利于共同维护和深化政治互信，为未来建立军事互信和政治对话奠定基础。另一方面，两岸携手合作维护南海主权，有利于进一步拉近两岸民众的心理距离，消融两岸民众之间的误解和隔阂，增进两岸同胞的民族情感和相互认同，增进两岸同属一个国家、同属中华民族大家庭的共识，为两岸关系的和平稳定夯实民意基础。
两岸“南海合作”的制约因素
尽管祖国大陆已经主动提出两岸南海合作的必要性和紧迫性，但受限于复杂的内外因素制约，台湾当局对此议题顾虑重重，这也使得两岸合作开发与协防南海面临诸多障碍。
一是两岸悬而未决的“主权争议”。虽然两岸在南海议题上的立场是相近的，但由于当前两岸的政治分歧尚未解决，两岸对于南海主权属于“中国”的表述尚存差异，影响了两岸南海合作的开展。
二是两岸政治互信不足。虽然近几年两岸关系取得重大进展，但由于两岸分隔60多年，台湾当局和部分民众对祖国大陆的敌对心态和不信任感并未随着两岸关系和平发展的不断深化和两岸交流合作的不断推进而完全消弭，两岸的政治互信基础仍然比较薄弱，军事互信机制也未建立，因此台湾当局对两岸南海合作仍然存在一些不必要的担心和顾虑。此外，台湾将南海议题视为政治范畴，而且属于并无迫切处理必要的敏感议题，这使两岸当前就在南海问题上共同合作、一致对外有相当难度。
三是台湾当局认为祖国大陆在“国际空间”问题上对台湾长期“打压”，对祖国大陆拒绝台湾参与南海争端谈判和区域安全对话机制的做法颇有微词，影响了台湾当局与祖国大陆合作的意愿。
四是“台独”势力的反对和干扰。在野的民进党及岛内“台独”分裂势力唯恐天下不乱，对于周边国家在南海挑衅祖国大陆见猎心喜，强烈反对两岸在南海议题上合作。被绿色政治文化绑架的状况依然影响着国民党的执政，不愿因南海问题而自找麻烦、授人以柄，害怕被扣上“倾中”、“卖台”的帽子。
五是美国的不支持态度。出于自身战略利益和遏制中国崛起的考量，美国在南海问题上虽然表面上采取中立姿态，但暗中鼓励菲律宾、越南等国向中国大陆挑衅，充当干扰中国和平发展的马前卒。很显然，美国不支持两岸联手捍卫南海主权，并不断向台湾当局施压，使得台湾当局不得不顾忌美国的压力，故对两岸南海合作采取消极的态度。
