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　　民国元年（1912）改任第五独立旅旅长兼潮梅绥靖会办。5月3日上午12时，作为同盟会广东支部的代表黎萼与李栖云，潘达微、夏重民、邓振民率模范军一队迎接孙中山南巡。会场设在广州东园，与会者3000余人。11月14日被授予陆军少将军衔。

　　民国二年（1913）乘法军致力于镇压内乱之际，黎萼以托辞会操，呈报军政府，全旅集中东兴，然后在后方假传密电，佯称法军入冠云南，奉命进攻安南，桂省协同动作。实行改装易帜，以迅雷疾风之势，出其不意，攻其无备，突入芒街，先行消灭法军边防部队，长驱挺进，与光复军取得联络，猛攻法军据点摧毁其主力，并号召安南部队响应，使其倒戈相向，光复安南。计划安排已毕，黎便赴任所，企待依时执行。“二次革命”中在广州参加反袁活动，失败后亡命香港，与谢英伯、陈逸川、李槐新等密设机关继续活动。而在粤所有家产悉被抄没净尽。

　　民国三年（1914）在香港加入“中华革命党”与陈云波、马时辉、邓成访、朱尚武、张励、王国柱、黎作图、熊振球、熊连访、莫笑佣、吴振伯、卜尚武杨志政等密商，电促潮梅起义，并约邓铿、朱执信等分途大举。3月27日率众沿韩江直下，29日攻克潮州入潮安，王国柱阵亡，起义失败，数十同志被捕，30余人殉难，黎萼幸免于难，东渡日本向孙中山报告起义经过。

　　民国四年（1915）由日本返上海续与唐继星、阙麟书、凌毅、章武、凌霁三等同志赴镇江、江阴、台洲各处发动起义，俱无所成。

　　民国五年（1916）与陈其美等策动肇和舰起义进攻制造局又遭失败。袁世凯帝制覆灭后，段棋瑞政府再次解散国会，撕毁约法。孙中山率海军南下广东，黎萼被任命为护国军中路第三军军长，征闽靖国军警备司令，中央直辖第三军第三师师长。

　　民国六年（1917），孙中山回粤，成立大元帅府。黎萼被任命为参军。兼建字军司令官。

　　民国七年（1918），黎萼被授陆军中将衔，黎萼与孙中山先生一起参加1918年元旦庆祝大会后合影。                  

　　民国九年（1920），秋，黎萼随粤军返粤，被任命为游击司令。

　　民国十一年（1922），任总统府咨议兼任大元帅直辖讨贼军司令部参谋长。

　　民国十二年（1923），粤省大总统府任命黎萼为建国桂军第十二师师长。

　　民国十三年（1924），所部改编为中央直辖第二军第三师，任师长。

　　民国二十年（1931），粤国民政府成立。黎萼与曾传范同时被任命为参军。

　　民国二十四年（1935），任辛亥革命纪念职业学校校董会主席兼校长。

　　民国二十五年（1936），因不满国民党新军阀统治，与朱少穆、李天德发起庆祝尤列寿辰，遭广东军阀当局逮捕，不久获释。

　　1940年10月19日由黎萼率领湖南各县“双十节慰劳团”对湘阴驻军进行慰劳。

　　1946年6月任湖南省烈士祠经理。

　　1947年2月11日病逝。

　　还曾任：中国同盟会纪念会常务理事兼湖南省通讯处主任、湖南省政府顾问。